El 15 de abril 1965, Independiente se consagró bicampeón de la Copa Libertadores de América al vencer por 4-1 a Peñarol de Montevideo en partido de desempate disputado en el estadio Nacional de Santiago de Chile.
Ajustado 1-0 en Avellaneda por el gol de Bernao y 1-3 en el Centenario (descontó Vicente de la Mata -h-). Así se tuvo que recurrir al desempate.
La Copa se disputó entre enero y abril, con la participación inicial de 9 equipos, todos ellos campeones de sus respectivas federaciones nacionales.
El Rojo accedió en semifinales de la Copa tal cual marcaba el reglamento para todos los equipos que eran campeones de la edición anterior. Allí se enfrentó con Boca, siendo el primer cruce de clubes argentinos en la historia de la Libertadores. Lo eliminó por 1 gol de diferencia tras 3 partidos que fueron reales batallas futboleras.
Independiente 4 (Carlos Pérez (e/c), Raúl Bernao, Roque Avallay, Osvaldo Mura) Peñarol 1 (Juan Joya).